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手机分身短信还在的原因可能有以下几点。
1、手机设置问题：可能是在使用分身功能时，只迁移了部分应用和数据，而短信数据并未完全迁移或同步。
2、分身应用问题：某些手机分身应用可能存在限制，不支持完全复制所有短信数据。
3、系统缓存问题：手机系统缓存过多也可能导致短信数据无法完全清除。
为了解决这个问题，可以尝试以下方法：
1、检查手机设置，确保在创建手机分身时已经选择了要迁移短信等应用和数据。
2、尝试重新创建手机分身，并确保在迁移过程中选择了所有相关的应用和数据，包括短信。
3、清理手机系统缓存，并检查手机存储空间是否充足。
4、如果以上方法仍然无法解决问题，建议联系手机制造商或相关技术支持团队获取帮助。
需要注意的是，在操作过程中要谨慎，避免误删重要数据，如有必要，可以先备份相关数据再进行操作。